正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
《奈克瑟斯奥特曼剧场版》是一部充满惊险刺激的科幻动作电影，它是奈克瑟斯奥特曼系列的一部重要作品，讲述了奥特曼与怪兽之间的战斗以及人类的生存挑战。影片中充满了紧张刺激的打斗场面和震撼人心的特效，同时也融入了人性的探索和情感的表达。
故事背景设定在一个科技高度发达的未来世界，人类与外星生物之间的对抗愈发激烈。在这个世界中，奥特曼成为了保护人类的守护者，他们肩负着保卫地球的使命。然而，一场突如其来的危机打破了原本的宁静，一群来自深空的邪恶生物入侵地球，带来了巨大的灾难和毁灭。面对强大的敌人，奥特曼们必须联合起来，与邪恶势力进行殊死的搏斗。
影片的主要情节围绕着奥特曼与邪恶生物之间的对抗展开。在一场又一场的激战中，奥特曼们展现出了无与伦比的勇气和智慧，他们不惜付出一切，保卫地球的和平与安宁。同时，影片也描绘了人类在灾难面前的顽强生存意志和对未来的希望。在危机关头，人们团结一心，共同抵御外来威胁，展现了人类团结互助的力量。
除了紧张刺激的打斗场面，影片还融入了人性的探索和情感的表达。奥特曼们不仅是超级战士，更是充满人性情感的存在，他们在保卫地球的过程中不断思考自己的使命和责任。同时，影片还通过人类与外星生物的对抗，探讨了和平与和谐的重要性，引发了人们对未来的深思。
在《奈克瑟斯奥特曼剧场版》中，观众不仅可以感受到震撼人心的动作场面，还可以思考人类与外星生物之间的关系以及未来的发展方向。这部电影不仅是一部娱乐作品，更是一部引人深思的科幻巨作，值得观众们细细品味。
